Conversor de Formato Molecular

Enviar arquivo com a molécula ou colar / tipo de molécula na área abaixo. Seleção de entrada
e formatos ouput e pressione 'Convert!' botão.

Molécula no formato de entrada
3 water molecule (example of xyz input) O 0 0 0 H 0 0 1 H 0 1 0
Formato de entrada
Formato de saída
Opções	Centro de coordenadas Adicionar hidrogênios Excluir hidrogênios

Usando o conversor de formato molecular

Esta ferramenta converte dados de estrutura molecular entre diferentes formatos de arquivo comumente usados em química computacional e modelagem molecular. Você pode carregar um arquivo ou colar dados moleculares diretamente na área de texto.

Basta selecionar seu formato de entrada, colar ou carregar seus dados moleculares, escolher o formato de saída desejado e clicar em "Converter" para obter a estrutura convertida.

Opções de conversão

Coordenadas do Centro

Centraliza a estrutura molecular na origem (0,0,0). Útil para padronizar posições moleculares.

Adicionar hidrogênios

Adiciona automaticamente átomos de hidrogênio à estrutura onde for quimicamente apropriado. Útil na conversão de formatos que não incluem hidrogênios explicitamente.

Excluir Hidrogênios

Remove todos os átomos de hidrogênio da estrutura. Útil para criar representações simplificadas ou reduzir o tamanho do arquivo.

Exemplos de entrada

Exemplo de formato XYZ

3
water molecule
O  0.000000  0.000000  0.000000
H  0.000000  0.000000  1.000000
H  0.000000  1.000000  0.000000

Primeira linha: número de átomos, Segunda linha: título/comentário, Linhas seguintes: símbolo do átomo e coordenadas x,y,z

Exemplo de formato SMILES

CCO

Representa etanol: CCO com hidrogênios implícitos

Exemplo de formato MOL

  Mrv2014 01012100002D          

  3  2  0  0  0  0            999 V2000
    0.0000    0.0000    0.0000 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    1.0000    0.0000    0.0000 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    0.0000    1.0000    0.0000 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  1  2  1  0  0  0  0
  1  3  1  0  0  0  0
M  END

Contém coordenadas de átomos e informações de conectividade de ligações

Dicas para melhores resultados

Certifique-se de que a seleção do formato de entrada corresponde ao formato de dados real
Para conversões de 2D para 3D, as coordenadas podem precisar de otimização após a conversão
Ao converter para formatos de química computacional, verifique a carga e a multiplicidade
Estruturas grandes podem levar mais tempo para serem processadas - seja paciente com moléculas complexas
Algumas conversões de formato podem perder informações (por exemplo, ordens de títulos no formato XYZ)
Sempre verifique se a estrutura de saída é quimicamente razoável

Limitações de tamanho de arquivo

O tamanho máximo do arquivo é 1,024 KB. Para arquivos maiores, considere dividi-los em estruturas menores ou usar um software de desktop.

Lista completa de formatos moleculares suportados

Este conversor suporta mais de 100 formatos de arquivo molecular diferentes através do OpenBabel. A tabela abaixo mostra todos os formatos disponíveis e seus recursos:

Formatar	Descrição	Entrada	Saída
abinit	ABINIT Output Format	✓
acesin	ACES input format		✓
acesout	ACES output format	✓
acr	ACR format	✓
adf	ADF cartesian input format		✓
adfband	ADF Band output format	✓
adfdftb	ADF DFTB output format	✓
adfout	ADF output format	✓
alc	Alchemy format	✓	✓
aoforce	Turbomole AOFORCE output format	✓
arc	Accelrys/MSI Biosym/Insight II CAR format	✓
ascii	ASCII format		✓
axsf	XCrySDen Structure Format	✓
bgf	MSI BGF format	✓	✓
box	Dock 3.5 Box format	✓	✓
bs	Ball and Stick format	✓	✓
c09out	Crystal 09 output format	✓
c3d1	Chem3D Cartesian 1 format	✓	✓
c3d2	Chem3D Cartesian 2 format	✓	✓
cac	CAChe MolStruct format		✓
caccrt	Cacao Cartesian format	✓	✓
cache	CAChe MolStruct format		✓
cacint	Cacao Internal format		✓
can	Canonical SMILES format	✓	✓
car	Accelrys/MSI Biosym/Insight II CAR format	✓
castep	CASTEP format	✓
ccc	CCC format	✓
cdjson	ChemDoodle JSON	✓	✓
cdx	ChemDraw binary format	✓
cdxml	ChemDraw CDXML format	✓	✓
cht	Chemtool format		✓
cif	Crystallographic Information File	✓	✓
ck	ChemKin format	✓	✓
cml	Chemical Markup Language	✓	✓
cmlr	CML Reaction format	✓	✓
cof	Culgi object file format	✓	✓
com	Gaussian Input		✓
confabreport	Confab report format		✓
CONFIG	DL-POLY CONFIG	✓	✓
CONTCAR	VASP format	✓	✓
CONTFF	MDFF format	✓	✓
copy	Copy raw text		✓
crk2d	Chemical Resource Kit diagram(2D)	✓	✓
crk3d	Chemical Resource Kit 3D format	✓	✓
csr	Accelrys/MSI Quanta CSR format		✓
cssr	CSD CSSR format		✓
ct	ChemDraw Connection Table format	✓	✓
cub	Gaussian cube format	✓	✓
cube	Gaussian cube format	✓	✓
dallog	DALTON output format	✓
dalmol	DALTON input format	✓	✓
dat	Generic Output file format	✓
dmol	DMol3 coordinates format	✓	✓
dx	OpenDX cube format for APBS	✓	✓
ent	Protein Data Bank format	✓	✓
exyz	Extended XYZ cartesian coordinates format	✓	✓
fa	FASTA format	✓	✓
fasta	FASTA format	✓	✓
fch	Gaussian formatted checkpoint file format	✓
fchk	Gaussian formatted checkpoint file format	✓
fck	Gaussian formatted checkpoint file format	✓
feat	Feature format	✓	✓
fh	Fenske-Hall Z-Matrix format		✓
fhiaims	FHIaims XYZ format	✓	✓
fix	SMILES FIX format		✓
fps	FPS text fingerprint format (Dalke)		✓
fpt	Fingerprint format		✓
fract	Free Form Fractional format	✓	✓
fs	Fastsearch format	✓	✓
fsa	FASTA format	✓	✓
g03	Gaussian Output	✓
g09	Gaussian Output	✓
g16	Gaussian Output	✓
g92	Gaussian Output	✓
g94	Gaussian Output	✓
g98	Gaussian Output	✓
gal	Gaussian Output	✓
gam	GAMESS Output	✓
gamess	GAMESS Output	✓
gamin	GAMESS Input	✓	✓
gamout	GAMESS Output	✓
gau	Gaussian Input		✓
gjc	Gaussian Input		✓
gjf	Gaussian Input		✓
got	GULP format	✓
gpr	Ghemical format	✓	✓
gr96	GROMOS96 format		✓
gro	GRO format	✓	✓
gukin	GAMESS-UK Input	✓	✓
gukout	GAMESS-UK Output	✓	✓
gzmat	Gaussian Z-Matrix Input	✓	✓
hin	HyperChem HIN format	✓	✓
HISTORY	DL-POLY HISTORY	✓
inchi	InChI format	✓	✓
inchikey	InChIKey		✓
inp	GAMESS Input	✓	✓
ins	ShelX format	✓
jin	Jaguar input format	✓	✓
jout	Jaguar output format	✓
k	Compare molecules using InChI		✓
lmpdat	The LAMMPS data format		✓
log	Generic Output file format	✓
lpmd	LPMD format	✓	✓
mae	Maestro format	✓	✓
maegz	Maestro format	✓	✓
mcdl	MCDL format	✓	✓
mcif	Macromolecular Crystallographic Info	✓	✓
MDFF	MDFF format	✓	✓
mdl	MDL MOL format	✓	✓
ml2	Sybyl Mol2 format	✓	✓
mmcif	Macromolecular Crystallographic Info	✓	✓
mmd	MacroModel format	✓	✓
mmod	MacroModel format	✓	✓
mna	Multilevel Neighborhoods of Atoms (MNA)		✓
mol	MDL MOL format	✓	✓
mol2	Sybyl Mol2 format	✓	✓
mold	Molden format	✓	✓
molden	Molden format	✓	✓
molf	Molden format	✓	✓
molreport	Open Babel molecule report		✓
moo	MOPAC Output format	✓
mop	MOPAC Cartesian format	✓	✓
mopcrt	MOPAC Cartesian format	✓	✓
mopin	MOPAC Internal	✓	✓
mopout	MOPAC Output format	✓
mp	Molpro input format		✓
mpc	MOPAC Cartesian format	✓	✓
mpd	MolPrint2D format		✓
mpo	Molpro output format	✓
mpqc	MPQC output format	✓
mpqcin	MPQC simplified input format		✓
mrv	Chemical Markup Language	✓	✓
msi	Accelrys/MSI Cerius II MSI format	✓
msms	M.F. Sanner's MSMS input format		✓
nul	Outputs nothing		✓
nw	NWChem input format		✓
nwo	NWChem output format	✓
orca	ORCA output format	✓
orcainp	ORCA input format		✓
out	Generic Output file format	✓
outmol	DMol3 coordinates format	✓	✓
output	Generic Output file format	✓
paint	Painter format		✓
pc	PubChem format	✓
pcjson	PubChem JSON	✓	✓
pcm	PCModel Format	✓	✓
pdb	Protein Data Bank format	✓	✓
pdbqt	AutoDock PDBQT format	✓	✓
png	PNG 2D depiction		✓
pointcloud	Point cloud on VDW surface		✓
pos	POS cartesian coordinates format	✓
POSCAR	VASP format	✓	✓
POSFF	MDFF format	✓	✓
pov	POV-Ray input format		✓
pqr	PQR format	✓	✓
pqs	Parallel Quantum Solutions format	✓	✓
prep	Amber Prep format	✓
pwscf	PWscf format	✓
qcin	Q-Chem input format		✓
qcout	Q-Chem output format	✓
report	Open Babel report format		✓
res	ShelX format	✓
rinchi	RInChI		✓
rsmi	Reaction SMILES format	✓	✓
rxn	MDL RXN format	✓	✓
sd	MDL MOL format	✓	✓
sdf	MDL MOL format	✓	✓
siesta	SIESTA format	✓
smi	SMILES format	✓	✓
smiles	SMILES format	✓	✓
smy	SMILES format using Smiley parser	✓
stl	STL 3D-printing format		✓
svg	SVG 2D depiction		✓
sy2	Sybyl Mol2 format	✓	✓
t41	ADF TAPE41 format	✓
tdd	Thermo format	✓	✓
text	Read and write raw text	✓	✓
therm	Thermo format	✓	✓
tmol	TurboMole Coordinate format	✓	✓
txt	Title format	✓	✓
txyz	Tinker XYZ format	✓	✓
unixyz	UniChem XYZ format	✓	✓
VASP	VASP format	✓	✓
vmol	ViewMol format	✓	✓
wln	Wiswesser Line Notation	✓
xed	XED format		✓
xml	General XML format	✓
xsf	XCrySDen Structure Format	✓
xyz	XYZ cartesian coordinates format	✓	✓
yob	YASARA.org YOB format	✓	✓
zin	ZINDO input format		✓

Observação: Os formatos de imagem (PNG, SVG) e os formatos de impressão 3D (STL) são somente de saída e geram representações visuais ou modelos 3D de estruturas moleculares em vez de dados de coordenadas.

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