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Conversor de Formato Molecular

Enviar arquivo com a molécula ou colar / tipo de molécula na área abaixo. Seleção de entrada
e formatos ouput e pressione 'Convert!' botão.
Molécula no formato de entrada
Formato de entrada
Formato de saída
Opções          

Usando o conversor de formato molecular

Esta ferramenta converte dados de estrutura molecular entre diferentes formatos de arquivo comumente usados em química computacional e modelagem molecular. Você pode carregar um arquivo ou colar dados moleculares diretamente na área de texto.

Basta selecionar seu formato de entrada, colar ou carregar seus dados moleculares, escolher o formato de saída desejado e clicar em "Converter" para obter a estrutura convertida.

Opções de conversão

Coordenadas do Centro

Centraliza a estrutura molecular na origem (0,0,0). Útil para padronizar posições moleculares.

Adicionar hidrogênios

Adiciona automaticamente átomos de hidrogênio à estrutura onde for quimicamente apropriado. Útil na conversão de formatos que não incluem hidrogênios explicitamente.

Excluir Hidrogênios

Remove todos os átomos de hidrogênio da estrutura. Útil para criar representações simplificadas ou reduzir o tamanho do arquivo.

Exemplos de entrada

Exemplo de formato XYZ
3
water molecule
O  0.000000  0.000000  0.000000
H  0.000000  0.000000  1.000000
H  0.000000  1.000000  0.000000

Primeira linha: número de átomos, Segunda linha: título/comentário, Linhas seguintes: símbolo do átomo e coordenadas x,y,z

Exemplo de formato SMILES
CCO

Representa etanol: CCO com hidrogênios implícitos

Exemplo de formato MOL
  Mrv2014 01012100002D          

  3  2  0  0  0  0            999 V2000
    0.0000    0.0000    0.0000 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    1.0000    0.0000    0.0000 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    0.0000    1.0000    0.0000 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  1  2  1  0  0  0  0
  1  3  1  0  0  0  0
M  END

Contém coordenadas de átomos e informações de conectividade de ligações

Dicas para melhores resultados

  • Certifique-se de que a seleção do formato de entrada corresponde ao formato de dados real
  • Para conversões de 2D para 3D, as coordenadas podem precisar de otimização após a conversão
  • Ao converter para formatos de química computacional, verifique a carga e a multiplicidade
  • Estruturas grandes podem levar mais tempo para serem processadas - seja paciente com moléculas complexas
  • Algumas conversões de formato podem perder informações (por exemplo, ordens de títulos no formato XYZ)
  • Sempre verifique se a estrutura de saída é quimicamente razoável

Limitações de tamanho de arquivo

O tamanho máximo do arquivo é 1,024 KB. Para arquivos maiores, considere dividi-los em estruturas menores ou usar um software de desktop.

Lista completa de formatos moleculares suportados

Este conversor suporta mais de 100 formatos de arquivo molecular diferentes através do OpenBabel. A tabela abaixo mostra todos os formatos disponíveis e seus recursos:

FormatarDescriçãoEntradaSaída
abinitABINIT Output Format
acesinACES input format
acesoutACES output format
acrACR format
adfADF cartesian input format
adfbandADF Band output format
adfdftbADF DFTB output format
adfoutADF output format
alcAlchemy format
aoforceTurbomole AOFORCE output format
arcAccelrys/MSI Biosym/Insight II CAR format
asciiASCII format
axsfXCrySDen Structure Format
bgfMSI BGF format
boxDock 3.5 Box format
bsBall and Stick format
c09outCrystal 09 output format
c3d1Chem3D Cartesian 1 format
c3d2Chem3D Cartesian 2 format
cacCAChe MolStruct format
caccrtCacao Cartesian format
cacheCAChe MolStruct format
cacintCacao Internal format
canCanonical SMILES format
carAccelrys/MSI Biosym/Insight II CAR format
castepCASTEP format
cccCCC format
cdjsonChemDoodle JSON
cdxChemDraw binary format
cdxmlChemDraw CDXML format
chtChemtool format
cifCrystallographic Information File
ckChemKin format
cmlChemical Markup Language
cmlrCML Reaction format
cofCulgi object file format
comGaussian Input
confabreportConfab report format
CONFIGDL-POLY CONFIG
CONTCARVASP format
CONTFFMDFF format
copyCopy raw text
crk2dChemical Resource Kit diagram(2D)
crk3dChemical Resource Kit 3D format
csrAccelrys/MSI Quanta CSR format
cssrCSD CSSR format
ctChemDraw Connection Table format
cubGaussian cube format
cubeGaussian cube format
dallogDALTON output format
dalmolDALTON input format
datGeneric Output file format
dmolDMol3 coordinates format
dxOpenDX cube format for APBS
entProtein Data Bank format
exyzExtended XYZ cartesian coordinates format
faFASTA format
fastaFASTA format
fchGaussian formatted checkpoint file format
fchkGaussian formatted checkpoint file format
fckGaussian formatted checkpoint file format
featFeature format
fhFenske-Hall Z-Matrix format
fhiaimsFHIaims XYZ format
fixSMILES FIX format
fpsFPS text fingerprint format (Dalke)
fptFingerprint format
fractFree Form Fractional format
fsFastsearch format
fsaFASTA format
g03Gaussian Output
g09Gaussian Output
g16Gaussian Output
g92Gaussian Output
g94Gaussian Output
g98Gaussian Output
galGaussian Output
gamGAMESS Output
gamessGAMESS Output
gaminGAMESS Input
gamoutGAMESS Output
gauGaussian Input
gjcGaussian Input
gjfGaussian Input
gotGULP format
gprGhemical format
gr96GROMOS96 format
groGRO format
gukinGAMESS-UK Input
gukoutGAMESS-UK Output
gzmatGaussian Z-Matrix Input
hinHyperChem HIN format
HISTORYDL-POLY HISTORY
inchiInChI format
inchikeyInChIKey
inpGAMESS Input
insShelX format
jinJaguar input format
joutJaguar output format
kCompare molecules using InChI
lmpdatThe LAMMPS data format
logGeneric Output file format
lpmdLPMD format
maeMaestro format
maegzMaestro format
mcdlMCDL format
mcifMacromolecular Crystallographic Info
MDFFMDFF format
mdlMDL MOL format
ml2Sybyl Mol2 format
mmcifMacromolecular Crystallographic Info
mmdMacroModel format
mmodMacroModel format
mnaMultilevel Neighborhoods of Atoms (MNA)
molMDL MOL format
mol2Sybyl Mol2 format
moldMolden format
moldenMolden format
molfMolden format
molreportOpen Babel molecule report
mooMOPAC Output format
mopMOPAC Cartesian format
mopcrtMOPAC Cartesian format
mopinMOPAC Internal
mopoutMOPAC Output format
mpMolpro input format
mpcMOPAC Cartesian format
mpdMolPrint2D format
mpoMolpro output format
mpqcMPQC output format
mpqcinMPQC simplified input format
mrvChemical Markup Language
msiAccelrys/MSI Cerius II MSI format
msmsM.F. Sanner's MSMS input format
nulOutputs nothing
nwNWChem input format
nwoNWChem output format
orcaORCA output format
orcainpORCA input format
outGeneric Output file format
outmolDMol3 coordinates format
outputGeneric Output file format
paintPainter format
pcPubChem format
pcjsonPubChem JSON
pcmPCModel Format
pdbProtein Data Bank format
pdbqtAutoDock PDBQT format
pngPNG 2D depiction
pointcloudPoint cloud on VDW surface
posPOS cartesian coordinates format
POSCARVASP format
POSFFMDFF format
povPOV-Ray input format
pqrPQR format
pqsParallel Quantum Solutions format
prepAmber Prep format
pwscfPWscf format
qcinQ-Chem input format
qcoutQ-Chem output format
reportOpen Babel report format
resShelX format
rinchiRInChI
rsmiReaction SMILES format
rxnMDL RXN format
sdMDL MOL format
sdfMDL MOL format
siestaSIESTA format
smiSMILES format
smilesSMILES format
smySMILES format using Smiley parser
stlSTL 3D-printing format
svgSVG 2D depiction
sy2Sybyl Mol2 format
t41ADF TAPE41 format
tddThermo format
textRead and write raw text
thermThermo format
tmolTurboMole Coordinate format
txtTitle format
txyzTinker XYZ format
unixyzUniChem XYZ format
VASPVASP format
vmolViewMol format
wlnWiswesser Line Notation
xedXED format
xmlGeneral XML format
xsfXCrySDen Structure Format
xyzXYZ cartesian coordinates format
yobYASARA.org YOB format
zinZINDO input format

Observação: Os formatos de imagem (PNG, SVG) e os formatos de impressão 3D (STL) são somente de saída e geram representações visuais ou modelos 3D de estruturas moleculares em vez de dados de coordenadas.

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